Si tenes un hosting que usa cpanel
http://tudireccion/cpanel
Entras a Base de datos
y en cada base de datos, tenes tres opciones:
Delete: Para borrarla (cuidado)
Check: Para chequearla
Repair: Para una reparacion basica.
Si entras por phpMyadmin...
Seleccionas la base de datos, y al abrirse en el frame de la derecha...tenes todas las tablas a la vista....
Si las tildas a todas...despues al pie, te aparece la opcion de que queres hacer con las tablas marcadas y alli elegis...vaciarlas...repararlas...etc..