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![Pensando](http://static.forosdelweb.com/fdwtheme/images/smilies/scratchchin.gif)
... solo para confirmar: Lo que no funciona es JavaScript ¿cierto?; el hecho de que con un checkbox de marquen todos (si mis escasos conocimientos no me mienten)...
Recuerda que PHP y JavaScript son cosas diferentes e independientes. Te sugiero (casi te pido...) que si tu problema es con JS muestres la estructura del HTML generado... ya sea se corrija la función JS ó se te indique cómo debe ser ese HTML para buscar generarlo con PHP...
Saludos!