Hola
under_ground
Así por encima, veo que estás poniendo los checkbox fuera del <div> donde tienes el check que los marca. Tendrías que ponerlo todo dentro:
Código PHP:
<div align="center">
<input name="checkbox" type="checkbox" onClick="marcar(this.parentNode,this)">
<input type="checkbox" name="grupocheck[]" value="<?=$row[idfile]?>"></div></td>
Saludos,