Como todo... depende. Normalmente cuanto más flexible y potente un sistema, más complejo de configurar y de dominar. Y en Java hay multitud de opciones para todos los gustos, a cual más compleja.
Pero afortunadamente, tanta posibilidad de elección nos deja tambien escoger lo que queremos usar y lo que no, y ahí es donde entra el buen juicio del "arquitecto" que ha de decidir que sistema usar. En realidad es como un puzzle con algunas piezas intercambiables, y cada uno escoge las piezas que mejor se adaptan a lo que necesita, a su forma de trabajar etc.
Bueno, tambien los hay que las escogen por que es lo que esta de moda o por que han leido un articulo que dice que esa pieza es fantastica y lo demás no vale nada... pero esas son malas razones
. Y siempre encontraras artículos a favor y en contra de cada cosa, ya que no hay solución definitiva y lo que es bueno para unos, es malo para otros.
La única receta es escoger con criterio, sabiendo las ventejas y los inconvenientes, que todo tiene, y usando lo necesario y adecuado para lo que queremos hacer y a nuestras posibilidades. Así dicho suena más sencillo de lo que es
.
Un ejemplo, los EJBs de entidad CMP tienen de bueno que son una especificación y hay diferentes implementaciones a elegir, te llevan toda la parte de transacciones de forma automática y te pueden controlar la seguridad etc. Sin embargo, la especificación deja muchos agujeros y portar tus CMPs a un servidor de aplicaciones diferente es muy muy engorroso, ademas solo permite operaciones sobre entidades, con lo que borrados y actualizaciones másivas no estan soportados, y entonces el rendimiento sufre. Ademas, te cortan la herencia, puesto que ya estas obligado a heredar de una clase, y los objetos en si son "pesados" y entonces para moverlos a la capa de vista se suele usar objetos copia "ligeros".
En vez de eso mucha gente usa Hibernate, que tiene diferentes ventajas y otras tantas pegas... o IBATIS... o usar EJBs BMP.... o JDBC a pelo... así que cuando le toca a uno elegir, pues mira lo que se acerca mas a lo que va a necesitar y usa eso. Claro que como es imposible saberse todas las elecciones posibles, pues uno acaba escogiendo entre lo que conoce, asi que es bueno conocer opciones.
Eso si, en mi opinion el 80% de una aplicación es el equipo que la hace y el 20% la tecnología. Así que no hay que obsesionarse con usar "la mejor" opcion, si no una que conozcamos, podamos manejar y con la que podamos llevar a buen fin el proyecto. Siempre se podría hacer mejor, asi que no vale la pena comerse el coco.
My 2ec