Suponele que en la ventana madre tienes el campo de texto en el que quieres escribir el cliente con un id "cliente":
Código HTML:
<input ... id="cliente" />
Entonces, desde el popup hacés:
Código HTML:
<div onclick="window.opener.document.getElementById('cliente').value='Cliente número 1'">Cliente Número 1</div> A ese div podrías ponerle algún estilo para simular un link visualmente (text-decoration: underline; cursor: pointer; etc...)
Suerte
Fede