Yo personalmente lo haría (mas bien lo hago) de ésta forma:
Cita: ...
...
<HEAD>
<script language="javascript" src='archivo.js'></script>
</HEAD>
...
Y si quieres asegurarte que se cargue la ruta bien aunque tengas páginas dentro de un folder.. lo puede hacer así:
Cita: ...
...
<HEAD>
<script language='javascript' src='<%= Request.ApplicationPath + "/archivo.js" %>'></script>
</HEAD>
...
Salu2