Asi es, incluso las páginas, gracias a la funcion mod_rewrite, son mas sencillas de indexar. Las urls las he reconvertido en direcciones sin variables.
Es decir
en lugar de:
http://www.midominio.com/algo.php?id=1
así
http://www.midominio.com/algo/1
Y de esta última manera estan en el sitemap.
Eso en cuanto a las páginas creadas desde la base de datos, pero es que no indexa ni las páginas estáticas del menu principal que no tienen, lógicamente, ninguna variable.