Buenas
yeku 
se te deben estar enredando los timeout que usan ambos scripts, prueba a modificar esto en el primero (el de cuenta atrás)
Busca esto
Código:
else{
document.getElementById('pepe').innerHTML = mensajeInicio + diferenciaDias + " días, " + diferenciaHoras2 + " horas, " + diferenciaMinutos2 + " minutos, " + diferenciaSegundos2 + " segundos " + mensajeFinal
setTimeout('faltan()',1000)
}
y prueba agregando esto
Código:
else{
document.getElementById('pepe').innerHTML = mensajeInicio + diferenciaDias + " días, " + diferenciaHoras2 + " horas, " + diferenciaMinutos2 + " minutos, " + diferenciaSegundos2 + " segundos " + mensajeFinal
tiempocuentaatras = setTimeout('faltan()',1000)
}
...a ver si con eso le gusta
