Hola.
Yo estoy trabajando en un servidor Tomcat que corre tambien PHP , funciona de la siguiente manera:
En el servidor esta instalado Tomcat 5.5.9 y apache, comparten los dominos mediante un mod llamado JK_mod que esta en la pagina oficial de Tomcat el cual se debe instalar y configurar, de tal manera que en la misma carpeta de apache puedes tener funcionando phps y jsp
.
Eso si,para cargar paquetes war, deben ir en webapps como de costumbre.
Genial no?