Mira esta función:
<script language="JavaScript">
function amplia(){
resizeTo(screen.width, screen.height);
moveTo(0, 0);
}
</script>
Como ves, utiliza screen.width y screen.height para detectar la resolución del usuario. Hay otra forma, que creo que es screen.avail.width... pero no lo recuerdo muy bien, y que te da el espacio disponible en la ventana del navegador. Puedes tomar ese dato y restarle el tamaño que sabes que ocupa el popup.
Así se colocaría "pegada" a los bordes derecho e inferior.