Hola, yo tambien tenia el mismo problema he intente por uno y otro lado... Y lo que conclui es que abrir un popup con el codigo de javascrip es un lio en terminos de usabilidad, por que ahora todos los navegadores bloquean ese tipo de ventanas... Bueno el hecho es q ante este problema encontre un muy buen tutorial sobre el componente window de flash, aca te dejo la direccion
http://www.cristalab.com/tutoriales/...-flash-mx-2004
espero q te sirva