no entiendo tu pregunta....
dices que en una ventana modal tienes un enlace o link y luego al presionarlo te abre en una ventana aparte? es eso? si es asi entonces es porque necesitas cargar en el modal un iframe, ya que la modal no permite refrescos en si misma..... como te explico... o sea, no se "refresca" o se "indexa" en ella misma... necesitas ayudarte utilizando "iframes" y dentro del iframe haces todo lo que quieras.....
me expliqué bien
saludos