Intenta hacerlo todo desde un inicio, primero cambia la clave de root con:
sudo passwd root
logeate como root
usa
vipw
y
vipw -s (para shadow)
Estos comandos evitan la corrupcion del archivos puesto que aplican las variables de entorno adecuadas
te dejo un buen link de como estan formados estos archivos
http://www.htmlweb.net/linux/redes/redes_linux_5.html