Ante todo gracias por el apoyo....
Para ejecutar los .JS que son llamados desde las paginas XHTML, solo es necesario configurar el sitemap de la siguiente manera:
<!-- JavaScript scripts -->
<map:match pattern="scripts/*.js">
<map:read mime-type="text/javascript" src="resources/scripts/{1}.js"/>
</map:match>
este pipeline nos ejecuta todos los js que necesite la página, los cuales hacen el request al cocoon en busca de los mismos.
Lo mismo sucede con los .CSS:
<!-- CSS stylesheets -->
<map:match pattern="styles/*.css">
<map:read mime-type="text/css" src="resources/styles/{1}.css"/>
</map:match>
y también con las imágnes:
<!-- IMAGENES -->
<map:match pattern="img/*.gif">
<map:read mime-type="images/gif" src="resources/images/{1}.gif"/>
</map:match>
<map:match pattern="img/*.png">
<map:read mime-type="images/png" src="resources/images/{1}.png"/>
</map:match>
en el XSLT, se coloca el código normal como en un HTML, como lo mencionó Helbira:
<link href="styles/style.css" type="text/css" rel="stylesheet"/>
<script src="scripts/xtree.js" type="text/javascript"/>
<script src="scripts/tree.js" type="text/javascript"/>
