Cerrarse si, pero antes pregunta. Esto sucede con ventanas principales. Si fuera otra ventana abierta desde el index no problemo, pero cuando es una ventana principal siempre pregunta.
Osea que te queda el tema semiautomático, jejeje
Haz la prueba, pon por ejemplo
<body onLoad="self.close()">
y observa lo que te dice.
si es una página con marcos cambia el self por top.