en vez de form1.P[i] debes poner form1.P1[i]
Código PHP:
<script language="javascript">
function validar() {
if (form1.NumEmp.value=="" ){
alert("Debe de poner su numero de empleado");
return false
}
if (form1.Nombre.value==""){
alert("Debe de poner su Nombre completo");
return false
}
var sel=false;
for(var i=0;i<3;i++){
if (form1.P1[i].checked){
sel=true;
break;
}
}
if(sel==false){
alert("Debe seleccionar una opcion");
return false
}
}
</script>