El "aviso" que plantean suele suceder cuando no cierras el servicio de PHP bien y se hace "a las malas" .. por ejemplo al apagar el PC de golpe ..
Si usas la versión de Apache 2.x .. ese problema (ni ventana DOS) veras. Puedes instalar como "servicio" Apache 2.x sobre Windows (sobre todo XP va bastante bien).
Un manual de instalación al respecto:
http://www.maestrosdelweb.com/editorial/phpmysqlap/
Un saludo,