Es por que estas insertando en todo el arreglo el mismo objeto. El problema esta a la vista.
Código PHP:
/*para iniciar arreglo*/
public void inicie(){
Genes g = new Genes();
for(int i = 0; i < Cromo.length; i++)
Cromo[i] = g;
}
Ese codifo hace que crees un objeto y luego insertes en todo el arreglo una instacia a el mismo objeto.
Tu codigo deberia estar asi
Código PHP:
/*para iniciar arreglo*/
public void inicie(){
for(int i = 0; i < Cromo.length; i++)
Cromo[i] = new Genes();
}
Saludos