A mi tambien me ha pasado algo parecido a esto porque la estrcutura de mi web es muy parecida a la tuya. Vigila con los stops, creo que a veces no es suficiente con poner un solo stop (en el caso de que en tu linia de tiempo haya un solo frame).
Yo tengo tambien un problema y es que si interactuo con un .swf que esta en la misma carpeta donde estan los otros .swf's funciona a la perfeccion pero si este mismo .swf esta en una url distinta a todos los .swf's entonces no hay manera de que interactue con ellos
Creo que no hay remedio a esto
Por otra parte tambien asegurate de que no cargas dos veces un .swf en un mismo MC vacio de lo contrario te traera problemas de ese tipo (experiencia propia).
Saludos,
ArgoN
PD: por cierto mharba_ctz, pegame el codigo de tus precargas aqui a ver si en el momento de darle la instruccion de seguir le has puesto algo mal...