Hola, nukekwero
Puedes hacerlo usando document.write dentro del archivo js
(pero creo recordar que sólo funciona si lo llamas en HEAD):
<head>
<script type="text/javascript" src="javascripts/footer.js"></script>
</head>
y en footer.js pones:
document.writeln('<script type="text/javascript" src="http://m1.webstats4u.com/m.js">')
document.writeln('</script>')
document.writeln('<script type="text/javascript">')
document.writeln('<!-- webstats4u("AD8iA3y6cte57370FXV4765Ucs7g", 0);')
document.writeln('// -->')
document.writeln('</script>')
document.writeln('<noscript>')
document.writeln('<a target="_blank" href="http://www.webstats4u.com/stats?ADVziA3y6cbzwS370FXVyBRUcs7g">')
etc.