Programación por Capas.

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De hecho, ya en el primer ejemplo utilizando funciones, la separación estaba más o menos bien. Que luego la hayas expresado en "formato objetos" la verdad no ha cambiado mucho. Digamos que en ambos casos, se da lo mismo: pones tres ejemplos, uno es la interfase + controlador (si fuera un MVC), en el segundo ejemplo, el Modelo y finalmente un ejemplo de acceso a bases de datos. Esto en realidad, no representa dos capas distintas, sino que son la misma realmente. Que el modelo utilice un MySQL o un archivo de Texto, lo mismo da, en realidad.

Si estás muy interesado en la separación, te recomendaría definitivamente el uso de algún motor de templates, que te permita separar más la Capa de Presentación del Controlador. El resto está bien o así mismo puede sobrevivir/evolucionar.

Saludos.