Yo tuve un problema similar, borré todo un site y cuando monté los archivos nuevos, me apareció una página index.html que no había hecho, la página principal mía era index.php, y no index.html, el servidor la había creado y respondía con ella (index.html - que por cierto no la veia, pero ahi estaba-).
Me tocó usar un archivo .htacces en la carpeta superior a la que tengo la página. O sea mi página está en /../public/, me tocó poner el archivo .htacces en la carpeta /../ con lo siguiente:
DirectoryIndex index.php index.php3 messagebrd.pl index.html index.htm;
Y sunto arreglado, después por arte de magia (?) aparecio el susodicho index.html, lo borré y asunto arreglado (pero no he quitado el .htacces, para evitar cualquier molestia futura
).
Saludos,
PD: Espero te sirva