Gracias Viet, si que era eso lo que quería hacer, lo que pasa es que en ese ejemplo se inicializan los select en el onLoad del <BODY> y yo tengo la etiqueta en una cabezera genérica y por eso no quería ponerlo ahí.
Al final he resuelto el problema. Parece ser que al hacer lo del innerHTML si que sustituye lo de dentro del DIV, pero solo si dentro hay un solo tipo de etiqueta. No se si esto será así, pero el caso es que yo tenía un:
Código HTML:
<td><select>
...
</select></td>
y me pasaba lo que dije antes, pero al poner solo la etiqueta del select funciana bien
Salu2