Segun el theme que utilices, lo editas por ejemplo coppermine/theme/classic/theme.php
Por lo general esta al principio y dice
$template_main_menu = <<<EOT
EOT;
Ahi vienen todos los links del menu principal, despues de
<span class="topmenu">
agregas tu link
<a href="mipagina.php">Ir al incio</a>