Hola, acrego.
En primer lugar, ayuda si nos dices cuál es el error.
En segundo, veo un par de cosas problemáticas:
1) La llave debe abrirse antes de "var", no antes de "window"
2) La URL no creo que deba empezar bor la barra '/', eso apunta a la carpeta raíz del servidor y deberías usar una ruta relativa, como entrada/Detalleentrada.asp o ../entrada/Detalleentrada.asp
3) window.open debe ir seguido de un paréntesis y dentro de éste todo entre comillas. Has abierto una comilla simple pero al final no la cierras. Mejor, dicho, la cierras cuando no debes.
4) Si "ventanuco" es un nombre, y no una variable global, debe ir entre comillas.
5) Esto no es error, pero lo puedes simplificar: no es preciso dar valor "no" a todos los parámetros de la ventana, basta dar "yes" a los que se usan (al dar ancho y alto, es bastante para desactivar todo lo demás).
Resumiendo:
Código PHP:
<script type="text/javascript">
function ModificarIncidencia(matricula,fecha,ancho,alto){
if (confirm("¿desea modificar la entrada?"))
{var windowprops ="width=" + ancho + ",height=" + alto;
window.open('entrada/Detalleentrada.asp?matricula='+matricula+'&fecha='+fecha,'ventanuco',windowprops)}
}
</script>