Hola ilai,
En cuanto al uso de CSS no puedo ayudarte mucho, pues solamente lo utilizo para cuestiones de estilos en textos y demás. Hasta ahorita estoy aprendiendo a utilizarlo para otras cosas.
Sin embargo en cuanto a la publicación de tu sitio, si te quisiera dar un consejo: No utilices el cliente de FTP de Dreamweaver para subir tus archivos, utiliza un cliente FTP independiente como SmartFTP, CuteFTP o WS_FTP que son bastante confiables y muy sencillos de utilizar.
Verás que así no tendrás mayor problema, y si necesitas ayuda en su uso avisame y con gusto ponemos manos a la obra.
Saludos y suerte!