Cita: El problema es que hay que entremezclar codigo php con código javascript
¿por qué dices eso? JavaScript y PHP son totalmente independientes... en lo que planteas nada hay que entremezclar: JavaScript hace su trabajo antes de enviar el formulario, PHP al enviarlo...
Veo entre comentarios "dónde quieres que salga la ventana"... pero no estás condicionaldola (si es lo que pretendes en todo caso la validación sería de PHP, no de JS), realmente no importa un "aquí", sino un "cuándo"...
Creo no tienes una idea clara de lo que es JavaScript y PHP. Acabo de responder un mensaje que espero igual te ayude:
http://www.forosdelweb.com/f18/llamar-funcion-desde-boton-novato-351326/
Pero te digo que los códigos que muestran no necesitan entremezclarse. Pones el JS en el formulario y el de PHP en el archivo donde van a recibirse... creo entender no hay problema propiamente los códigos.
Un saludo!