Si ya tienes windows instalado y tu disco duro es de al menos 40 gb creo que es mejor opción que le instales el nuevo disco duro como esclavo formateado en fat32 y le copies todos los documentos y trabajos que no quieres perder, de esta manera podrás leer y escribir desde ambos SO sin complicaciones. Una vez hecho esto con partition magic es muy sencillo reducir el tamaño de la partición windows a la mitad y dejar lo demás como espacio libre sin asignar. Cuando instales ubuntu (o cualqueir distro) simplemente tienes que indicar que utilice el espacio libre del disco e instale grub en la MBR. Tu windows queda intacto, tu linux se instala de manera segura y te queda un dd completo con documentos, datos y trabajos que en caso de requerir formatear el dd con windows (algunos lo hacen cada 6 meses
) no tienes que respaldar tus archivos.
Saludos.