Hola,
Obviamente MS SQL Server no podrás correrlo en Linux, pero te tengo buenas noticias: PostgreSQL soporta "stored procedures" desde hace ya un buen tiempo, es un poderoso motor de bases de datos y funciona en Linux!
www.postgresql.org
Quizás quieras leer este artículo, a manera de inspiración:
http://www.tcu-inc.com/Articles/22/P...stgreSQL2.html (en inglés)
Ahora, ese ejemplo habla de algunos procedimientos en Perl, pero puedo asegurarte que Java (JSP/Servlets) se la lleva bastante bien con PostgreSQL. En nuestra empresa de hosting tenemos algunos clientes que han instalado algunas aplicaciones JSP/Servlets + PostgreSQL y les funciona de maravilla.
Saludos,