Me regresa un Valor NaN.

[living]

Eso es porque no tienes inicializado el array. Intentas sumar 1 a un valor no definido. Esta es una posible solución:

Código HTML:

<script>
	strRangos = "1,2,3,4,5,5,6,7,8,9,10"

strRangos = strRangos.substring(0,strRangos.length - 1);
arrRangos = strRangos.split(','); 

arrCoincidencias = new Array(arrRangos.length,0,true);

for (y=0; y<arrRangos.length; y++)
{
for (w=0; w<arrRangos.length; w++)
{
if (parseInt(arrRangos[w]) == parseInt(arrRangos[y]))
{ 
	if (isNaN(arrCoincidencias[y])){
		arrCoincidencias[y]=0;		
	}
arrCoincidencias[y] = arrCoincidencias[y] + 1;
alert(arrCoincidencias[y]); 
}
}
}

</script>