¿Lo que quieres es que cueste de conseguir el .swf para que no puedan exportarlo a .fla?
Eso puedes solucionarlo de varias formas:
1) Haciendo un .swf vacio que cargue todos tus .swf de la web (no se si eso los protege pero creo que si)
2) cuando exportas tus .fla a .swf hay una opcion que pone: proteger frente a importacion. Ahi le marcas la casilla.
Espero haberte sido de ayuda.
ArgoN