Utilizaste Windows 2000 para crear la partición del disco duro antes de instalarlo?, esa puede ser la causa, Windows 2000 (y más en Windows NT4), es algo ineficaz al momento de crear particiones, he visto que en todos los casos, no llega a exceder los 20Gb, lo demás lo ignora hasta que administres el resto de la partición con utilidades que lleva incluídas. Aunque terminas creando más unidades lógicas.
No es necesario Re-Formatear el disco duro para reparar (aunque ésto no es un daño, no te preocupes). Instala Norton Partition Magic para que puedas expandir la partición, y así corregir el problema de espacio faltante.
En algunos casos, se requiere también que Windows 2000 tenga ya instalado el último service pack disponible. Por ejemplo, necesita el SP4 ó superior para que pueda leer la partición NTFS de Windows XP (y eso que windows 2000 soporta NTFS, pero es una versión anterior).
Bye...