Hola:
Esto nuevo, puede ser algo más complicado...
Las tablas podrías ponerlas en un array, y la enumeración sería el mismo índice...
Luego, para el borrado, en vez de renumerar, pienso que sería más fácil poner el elemento del array a false... (solo es una idea...)
var tablas = new Array();
...
tablas[tablas.length] = document.createElement("table");
... con eso sabes que el número de tablas creadas dinámicamente es la longitud del array... aunque con el borrado habría que hacer malabares... aunque también dependería de la importancia que quieres darle a ese índice (también puede tenerse otro contador en otra variable...
Tal vez sea mejor crear un tema nuevo si el planteamiento deja de ser el original...
Saludos