Yo tengo la versión 7 Pro de FineReader. Este y cualquier otro OCR te vá a omitir los saltos de línea porque sólo procesan el texto, y como tal, suprime los espacios entre líneas (de hecho, omiten casi cualquier formato de texto, ó su acomodo).
Por lo tanto, la única opción para que te respete los saltos de línea, formatos de texto, sangrías, tabulaciones y otras características de un texto en particular, es escaneando la página como IMAGEN y no como texto.
De otro modo, tienes que hacer OCR, abrir en cualquier editor de texto, y hacer los ajustes del documento original A MANO. NO veo de otra.
Bye...
