Hola:
Lo que no entiendo es si también tiene que cambiar el enlace:
var cambio = true
function cambiar(){
cambio = !cambio;
document.images["imagen"].src = (cambio) ? "imagen1.gif" : "imagen2.gif";
}
<body onload="setInterval('cambiar()", 2000)" >
Eso cambia la imagen con el nombre imagen cada 2 segundos...
Saludos