Mejor te recomiendo utilzar Access o en su defecto un programa propio de Clipper para que te reconozca los índices.
Si abris con access los DBF y los modificas, los índices NO se van a actualizar y Access NO puede abrir NTX y si la aplicación que utiliza dichos archivos NO tiene la opción de regenerar índices, vas a hechar a perder tus datos.
En Clipper existía o existe (tendrías que buscar) una herramienta para editar sus archivos e índices llamado DBU. Me puse a buscarlo para bajarlo pero NO lo encontre, pero me apareció otro llamado
clut.exe 2.14, bajalo descomprimilo en la carpeta donde estan tus DBF y NTX. Por defecto te va a presentar todo en Italiano, pero te vas a Extra y ahi lo podes pasar a Inglés.
Nota importante.... RESPALDA INICIALMENTE TODOS LOS DBF Y NTX, hace los cambios, asegurate que funcionen SIN problemas ok?