Casi todos los registradores disponen de un servicio que ofrece "privacidad" al registrar un dominio, godaddy lo llama "Private Domain Registrations":
http://www.godaddy.com/gdshop/dbp/la...?se=%2B&ci=174
Y tiene un coste, obviamente.
Cuando registras el dominio debes dar datos reales, pero si contratas ese servicio, cuando hagan un whois verán los datos de la empresa que te ofrece el servicio, no los tuyos. Por supuesto, tú sigues teniendo control total sobre el dominio, ningún problema en ese sentido.