Hola
Puedes utilizar un "div" como contenedor.
Código:
<div id=contenedor></div>
cuando quieras meter la tabla utilizas la propiedad "innerHTML" del objeto DIV
Código:
obj = document.getElementById('contenedor');
obj.innerHTML = "<table....>...</table>";
para hacer desaparecer la tabla pues parecido al paso anterior
Código:
obj = document.getElementById('contenedor');
obj.innerHTML = "";
Lo pongo de memoria por lo que no te aseguro que la sintaxis sea correcta al 100% pero supongo que te dará una idea de como hacerlo.