Hola.
He encontrado una solución para los caracteres extraños. Consiste en que en lugar de pasar una cadena, crear una variable en el index con esta cadena y aplicarle htmlentities.
Sería así
$busca = htmlentities(".php/$idtema-$tema.html");
y luego hacer el enlace así:
<a href=\"www.miweb.com/carpetas$busca\">$tema</a>
Algo "chapucilla" sí es, pero funciona bien.
A ver si resolvemos lo del %20.
Gracias