En realidad que yo sepa, MS SQL es mas eficiente para este tipo de cosas que MySQL, pero no me hagan mucho caso, lo he leido por ahi...porque nunca he tenido que lidiar con tantos registros, pero hasta donde se, es asi, MS SQL es mas solido que MySQL para un desarrollo de este monto.
De ahi, pues bueno, puedes optar por un PostgresSQL, o una cosa asi si en verdad es demasiado, pero MySQL, me parece que no, a ver si alguien opina lo contrario.
Salu2,