Bueno para eso nos pagan
jejejeje. El caso es que supongo que ya tienes todo listo u archivo de configuracion tipico de samba ya lo conoceras, de memoria, pues la unica manera que tienes de que samba sepa quien puede y quien no puede entrar al servidor es mediante la alteracion de este archivo, pro si lo tienes todo automatizado lo unico que tendras que hacer es agregar y eliminar usuarios supongo que ejecutando un script o algo asi.
Lo ideeal es que crees un script que te haga todo automaticamente simplemente introduciendo el nombre de los usuarios. Es algo largo pero es posible. Eso si cada vez que toques el archivo de configuarion de samba guarda una copia de smb.conf para que puedas reiniciar el servicio sin ningun drama. Son muchos usuarios para una maquina, desde luego es muy interesante ese trabajito.
Saludos