mm Bueno .. todo depende de tu caso concreto.
Por portabilidad y documentación .. usar la classe:
FPDF
www.fpdf.org
Es buena alternativa.
Por rendimiento .. podrías usar la extensión PDF Lib (
www.php.net/pdf)
Las diferencias entre "classe" vs "extensión" están en como se "instalan" y como se ejecutan. FPDF por ejemplo no es más en el fondo que un código PHP cualquiera .. se ejecuta como cualquier otro código PHP, es decir . .donde quieras y como quieras. Una "extensión" (como PDF Lib) se instala como parte de PHP (como cualquier otra extensión) .. necesita de configuración del servidor (cosa que aveces uno no dispone de acceso para tal fin). La classe es "interpretada" (es código PHP simple) .. y la extensión es "compilada" (es código "binario" compilado ..) así que las diferencias de rendimiento son ostensibles en algunos casos ganando la versión "extensión" en este aspecto.
A todo esto .. PDF Lib no es de libre uso (hay que pagar sus licencias) .. por eso no es tan común verlo instalado en servicio de hosting (aunque en "casa" o una "intranet" bajo nuestro control podremos probarla).
En cuanto a las "classes" como FPDF .. hay algunas más como R&OS menos documentada pero dicen que "mejor" vs FPDF. De todas formas lo mejor es probarlas y decirse. Yo me decidí por FPDF por qué simplemente hay mas documentación y ejemplos.
Anexo a estas "classes" hay otros desarrollos interesantes en base a estas, por ejemplo
Conversor HTML->PDF (basado en FPDF)
http://html2fpdf.sourceforge.net/
Psudo lenguaje de marcas para genear PDF's rápidos:
http://pdml.sourceforge.net/index.php
Un saludo,