Algo parecido me ha pasado a mí con las que tengo (Kingston de 64 Mb, y otra Cruzer Micro de 512 Mb.). Eso suele pasar cuando se extrae el dispositivo sin haberlo detenido primero, la información en él se trunca, dándote como resultado un espacio de almacenamiento cada vez menor.
Simplemente formatéalos, con éso se corrige el espacio disponible.
Bye...