Pros de Frames :
-Se ven bien y algunas personas les gusta tener un scroll extra para poder mover las información dentro del frame (se les hace mas cómodo).
-No se quemas decir de pros de los frames
Contras de los Frames :
-Los navegadores viejos no funcionan con frames y eso es muy importante si tenemos muchas visitas, no todos estan al dia con su pc.
-Escribimos mucho código html.
-Si usas hojas de estilo en cascada CSS tendras que escribir en todas tus paginas el link a esa hoja y si no las usas de todos modos tendras que darle estilo a cada una de tus paginas y esto implica mucho mas tiempo.
-A muchos no nos gusta tener varios escrolls a causa de tantos frames.
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Pros de la función Include y sus variantes :
-Muy facil de usar.
-Todos los navegadores lo podrán leer ya que entregara código html simple.
-No escribimos tanto código ya que lo que incluyamos saldrá con el formato que le asignemos ya sea con CSS o con formateo clásico.
-Tenemos infinidad de formas para ponerlo en funcionamiento ya sea con bases de datos, con un simple swith, un if o como se nos ocurra.
-Si tenemos decenas de paginas es como un regalo divino jajajajaja.
-Todo esto y millones de cosas mas podemos hacer con PHP.
Contras de funcion Include y sus variantes :
-Algunas veces por no verificar bien el código podemos tener un hueco y podríamos ser una presa mas de los LAMMERS que no saben otra cosa mas que joder.
Me refiero a esto ya que hay veces que los programadores no depuran y no ven las concecuencias que puede ocasionar un descuido ya que si permitimos que se incluyan archivos externos ala web podrían hacer cualquier cosa con esta.
-Como nota final te diría que que la mejor opción es el include (Si no tienes conocimientos de php tu mejor opción serian los frames).
http://www.php-tutorial.cjb.net