Hola haron,
Yo personalmente prefiero eviar todos mis mensajes en texto plano, pues como dices no todas las personas podrán verlos si fueran con formato HTML.
Claro está que es mucho más elegante y llamativo poder crear un buen diseño en HTML y utilizarlo en los mensajes pues sin duda darías una muy buena impresión a tus clientes. (al menos a los que puedan verlos
.)
Para decidir que utilizar me parece que lo que más debes tener en cuenta es tu audiencia, el tipo de usuario que recibirá tus mensajes. Si sabes que la gran mayoría podrán ver tus mensajes HTML, o si los mensajes que envias no requieren estrictamente que todos los destinatarios puedan verlos, entonces podrías utilizar una plantilla visualmente aractiva sin problemas.
Si por el contrario tus mensajes van dirigidos a personas que por alguna razón podría ser que no vean tus mensajes HTML y es escencial para ti que el contenido de tus mensajes sea visto en todos los casos, lo mejor sería utilizar texto plano.
Espero te sirva, un saludo!