claro, pues cada vez que lees una linea, reemplazas y luego escribes la liena en el archivo abriendolo cada vez con 'W' , lo que borra el contenido al inicializarlo. hay otros parametros para abrir el archivo ademas de 'w', como 'a' pero eso puedes verlo en la ayuda de php.,
una idea de lo que podrias hacer es leer todo el contenido (como cadenas de caracteres) del archivo a una variable, y ahi usar el ereg_replace, pero no apuntando al puntero del archivo sino a la variable que tiene el contenido del archivo, y luego una vez que haya he hecho esto puedes abrir el archivo con el parametro 'w' y los escribes, pues al abrir con 'w' se inicializa como ya dije y quedaria el nuevo contenido...
bueno la idea esta..
