Gracias por el link living, parece que estaba abocado a usar expresiones regulares!!
Como tengo la suerte que en el html cada salto de linea en los textos es un </td>, me sirve esto, imagino que se podría simplificar...
Código PHP:
//El html
datos = document.getElementById('resultado_rae').innerHTML;
// sustituir todos los </td> por <br>
dat = datos.replace(/</td>/g,"<br>");
//Sustituir todos los <br> por _marca_
dat = dat.replace(/<br>/g,"_marca_");
//Eliminar todas las etiquetas html y dejar solo texto
dat = dat.replace(/<[^>]+>/g,"");
// Sustituir _marca_ por saltos de linea
dat = dat.replace(/_marca_/g,"\n");
Saludos y gracias