La interfaz PCI-Express es muy diferente a PCI normal, la primera es exclusiva para video, la segunda es para instalación de otros dispositivos (video PCI ya casi descontinuado, módems, tarjetas de red, etc.).
Dado el modelo de tarjeta madre, PCI-E no la tiene, para eso busca tarjetas genuinas o genéricas con chipset Intel D915.
Para más detalles, revisa aquí:
http://www.intel.com/support/motherb.../cs-010809.htm
Por la AGP ATI, es buena, pero por un lado, la tejeta madre no tiene conector, y ati 9250 es del chip que se considera ya casi por descontinuar, porque no te dará para soporte a los juegos de nueva generación. Yo tengo una RADEON 9600 Pro de 256mb., y ya la doy por muerta (digo, ya voy a cambiarla), y tengo que migrar casi todas las tripas de mi equipo para tener una PCI-E (tarjeta madre, procesador, probable también la RAM...).
Bye...
