La directiva de php.ini "magic_quote_gpc" lo que hace (a ON) es añadirte el caracter de escape (\) a toda comilla doble y algunos caracteres más que pasean por el URL (desde tu formulario o links hacia tu script PHP).
Si está a ON . .automáticamente se "escapan" cosas como
echo "algo";
quedando en
echo \"algo\";
Por otro lado está la misma directiva pero que afecta a la generación de archivos: magic_quote_runtime .. que por defecto está a OFF .. En general todo esto afecta como veras a como se genera el archivo.
Ahora, .. viendolo desde otro punto de vista .. si tienes pequeños scripts que probar .. no es necesario ni que generes un archivo (y llenar tu servidor de esos archivos + tener que ir a borrarlos luego a mano despues de ver su ejecución). Puedes ejecutar tu código directamente sin pasar por la generación de tu archivo usando:
eval()
www.php.net/eval
(igual que existe una función equivalente para Javascript).
Un saludo,