Es fácil pero no tan sencillo como lo planteas. Lo primero que necesitas es listar los ficheros del directorio upload si permites la opciones de seleccionar algunos. En esta página te lo explican muy bien:
http://www.desarrolloweb.com/articulos/935.php
Después cuando quieras copiar un fichero a la otra carpeta tendrás que usar el comando copy:
http://es.php.net/manual/es/function.copy.php